GNU Health Dokumentation (deutsch)/ Occhiolino, das GNU LIMS: Laborinformationssystem

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GNU LIMS: Laborinformationsmanagementsystem für die Bereiche Medizin und Biomedizin[Bearbeiten]

GNU LIMS, auch bekannt als Occhiolino, ist ein modernes Laborinformationsmanagementsystem für die Bereiche Gesundheitswesen und Biomedizin, das als GNU Health-Teilprojekt entstanden ist.

Die Labormodule verwalten die Anforderung, Erstellung und Auswertung von Laboranalysen. Was die Funktionalität des LIMS (Laboratory Information Management System) anbelangt, ist GNU Health sehr flexibel. Sie können es mit dem Patientendatensatz und der Finanzverwaltung der Gesundheitseinrichtung verknüpfen.

Es ist in der Lage, eine Verbindung zur Finanzverwaltung herzustellen und aus den Laboranforderungen heraus Rechnungen zu erstellen.

Occhiolino wurde von Anfang an in GNU Health integriert. Ab 3.2 gibt es ein eigenes Repository, um die Entwicklungsbemühungen zu bündeln und der GNU Health Community besser zu dienen.

Anforderung einer Laboruntersuchung[Bearbeiten]

Neuer Prozess zur Erstellung von Laboranforderungen. Neben anderen Informationen enthält es den Labortesttyp und den zugehörigen Gesundheitsdienst.

Um einen neuen Laboruntersuchungsanforderung-Datensatz zu erstellen, gibt es zwei Möglichkeiten:

  1. Klicken Sie im Patientenformular auf die Schaltfläche Beziehung und wählen Sie den Befehl Laboruntersuchung anfordern.
  2. Klicken Sie in der Hauptnavigation auf den Befehl Laboruntersuchung anfordern.

In jedem Fall öffnet sich ein Dialog, in dem Sie folgende Informationen eingeben können:

  • Datum: Datum und Uhrzeit der Anfrage (Standardwerte sind das aktuelle Datum und die Uhrzeit)
  • Dringend: Ein Kontrollkästchen, um eine dringende Anfrage anzuzeigen
  • Patient: Der Name des Patienten (Link zu einer Patientenakte)
  • Arzt: Der Name des Gesundheitdienstleisters, der die Laboruntersuchung anfordert
  • Laboruntersuchung: Ein oder mehrere durchzuführende Laboruntersuchungen

Testtypen[Bearbeiten]

GNU Health Laboruntersuchungstypen

Mit dem Labormodul können Sie aus einer Liste verschiedener Laboreinzeluntersuchungen auswählen und mit Ihren Analysen, Normalwerten usw. die gewünschte Laboruntersuchungstyp erstellen.

Laboruntersuchungen verwalten[Bearbeiten]

Liste der Laboraufträge und Anforderungen von GNU LIMS

Um nach neuen Laboruntersuchungsanfragen zu suchen und Laborergebnisberichte zu erstellen, öffnen die Mitarbeiter des Labors in der Hauptnavigation den Bereich Health → Labor → Laboruntersuchungsanfragen. Daraufhin wird die Liste der Laboruntersuchungsanforderungen angezeigt, die alle oben beschriebenen Informationen enthält.

Darüber hinaus gibt es eine Statusspalte, die angibt, ob es sich bei einer Anforderung um einen Entwurf oder bereits um eine Angeforderte Anforderung handelt. Sobald ein Labormitarbeiter eine Laboruntersuchung erstellt, indem er auf die Schaltfläche Aktion klickt und den Befehl Laboruntersuchung erstellen auswählt, ändert sich der Status der Anfrage von Entwurf in Angefordert. Außerdem ändert sich die Schriftfarbe der Anfrage von Blau in Schwarz, wodurch die Unterscheidung zwischen ausstehenden Anforderungen und bearbeiteten Anforderungen erleichtert wird.

Laboruntersuchungsergebnisse speichern[Bearbeiten]

Ein Laboruntersuchungsdatensatz ermöglicht es, die Werte aller in einer bestimmten Untersuchung enthaltenen Analysekriterien sowie einige zusätzliche Informationen zu speichern.

Um auf die Untersuchungsergebnisse zuzugreifen, gibt es zwei Möglichkeiten:

  1. Klicken Sie im Patientenformular auf die Schaltfläche Beziehung und wählen Sie den Befehl Laborberichte.
  2. Klicken Sie in der Hauptnavigation auf den Befehl Health → Labor → Laboruntersuchungs-Ergebnisse.

Das Formular Laboruntersuchungs-Ergebnisse ist wie folgt strukturiert:

Hauptinfo Registerkarte[Bearbeiten]

In der oberen Hälfte der Registerkarte "Hauptinfo" werden Informationen zum Patienten und zur gesamten Untersuchung angezeigt. Der Großteil dieser Informationen wird von der Laboruntersuchungsanfrage kopiert. Zusätzlich gibt es folgende Felder:

  • Datum der Analyse
  • Pathologe

In der unteren Hälfte der Registerkarte Hauptinfo befindet sich die Tabelle Lab Untersuch Krit. Diese Tabelle ermöglicht die Eingabe der folgenden Informationen für jedes Kriterium des Tests:

  • Warnen
  • Ausgeschlossen
  • Analyt
  • Wert
  • Ergebnis - Text
  • Untere Grenze
  • Obere Grenze
  • Einheiten
  • Bemerkungen

Hinweis: Wenn Sie bereits wissen, dass der Patient eine Erkrankung hat, die einen bestimmten Wert als Warnung markiert (z. B. den Wert des Blutzuckers bei Diabetikern oder wenn die Person ein bestimmtes Medikament einnimmt), aktivieren Sie das Kontrollkästchen ausgeschlossen. Dies wird dem Arzt eine klarere Sicht auf den allgemeinen und realen Zustand des Patienten verschaffen.

Extra Info Tab[Bearbeiten]

Die Registerkarte Extra Info bietet Platz für eine Zusammenfassung der Ergebnisse und eine Diagnose.

Laborberichte[Bearbeiten]

GNU LIMS Laboruntersuchungsergebnisse. Formularansicht

Das Drucklayout einer Laboruntersuchung wird Laborbericht genannt. Sie können Laborberichte aus dem Formular Lab Untersuch Ergebnis anzeigen und drucken, indem Sie auf die Schaltfläche Bericht klicken und den Befehl Laborbericht wählen. Jeder anomale Wert (d. h. ein Wert unter der unteren Grenze oder über der oberen Grenze eines Testkriteriums) wird in rot gedruckt.

Laboraufträge und Gesundheitsdienste[Bearbeiten]

Fakturierung eines Laborauftrags[Bearbeiten]

Konfiguration[Bearbeiten]

Um die verfügbaren Laboruntersuchungen zu konfigurieren, gehen Sie im Hauptmenü auf den Menüpunkt Health → Konfiguration → Labor. Dort haben Sie zwei Möglichkeiten: Sie können Testtypen (einschließlich ihrer Testkriterien) erstellen, bearbeiten oder löschen, und Sie können die in den Tests verwendeten Einheiten konfigurieren.

Laboruntersuchungseinheiten[Bearbeiten]

GNU Health: GNU Health: Konfiguration von Laboruntersuchungseinheiten

Mit einem Doppelklick auf Health → Konfiguration → Labor → Laboruntersuchungseinheiten erhalten Sie eine Liste aller im System definierten Einheiten. Das Konfigurieren einer Einheit ist ziemlich einfach, da es nur zwei Felder gibt:

  • Einheit
  • Code (in den meisten Fällen identisch mit Einheit)

Laboruntersuchungstypen[Bearbeiten]

Mit einem Doppelklick auf Health → Konfiguration → Labor → Laboruntersuchungstypen erhalten Sie eine Liste aller im System definierten Untersuchungstypen. Ein Untersuchungstyp dient als Vorlage für eine individuelle Untersuchung. Es enthält eine Liste von Untersuchungskriterien einschließlich Informationen zu Standardwerten für jedes Kriterium. Es ist auch mit einem Produkt verbunden, das es erlaubt, die Kosten der Untersuchung für den Patienten richtig zu berechnen.

Hauptinfo Registerkarte[Bearbeiten]

GNU Health: GNU Health: Konfiguration von Laboruntersuchungstypen

Auf der Registerkarte "Hauptinfo" des Formulars "Untersuchungstypen" können Sie folgende Informationen verwalten:

  • Untersuchung: Der vollständige Name des Untersuchung (normalerweise in Großbuchstaben)
  • Code

Im Folgenden finden Sie die Liste der Testfälle (oder Testkriterien, wie sie an anderer Stelle genannt werden) eines Untersuchungstyps. Jeder Testfall besteht aus folgenden Informationen:

  • Sequenz: Eine Nummer, um eine Bestellung innerhalb der Testfälle eines Untersuchungstyps zu erstellen
  • Analyt: Der zu analysierende Stoff oder Aspekt
  • Untere Grenze: Die untere Grenze des Bereichs, in dem ein Wert als normal oder nicht kritisch angesehen wird (wird zu Informationszwecken verwendet, wird aber auch verwendet, um einen Testfall in rot zu drucken, wenn ein Wert außerhalb des Bereichs liegt.)
  • Obere Grenze: Die obere Grenze des Bereichs, in dem ein Wert als normal oder nicht kritisch angesehen wird (wird zu Informationszwecken verwendet, wird aber auch verwendet, um einen Testfall in rot zu drucken, wenn ein Wert außerhalb des Bereichs liegt.)
  • Referenz: Ein Textfeld, um weitere Informationen zu den erwarteten Werten eines Testfalls hinzuzufügen
  • Einheiten: Die Einheit der Werte in einem Testfall (wird für Obergrenze, Untergrenze und den Untersuchungswert selbst verwendet)

Über das Feld "Service" am unteren Rand der Registerkarte "Main Info" wird jeder Testtyp mit einem Produkt verknüpft. Das Produkt definiert den Preis eines Tests, der dem Patienten in Rechnung gestellt wird. Für jeden Testtyp-Datensatz benötigen Sie einen Produktdatensatz. Dieser Produktdatensatz wird normalerweise nach dem Testtyp benannt.

Extra Info Registerkarte[Bearbeiten]

Die Registerkarte Extra Info enthält ein Textfeld Beschreibung für zusätzliche Informationen zu einem Testtyp.

Schnittstellen zu Laboren und LIMS[Bearbeiten]

GNU Health ermöglicht die manuelle Eingabe der Ergebnisse der Analyten für jede Art von Untersuchung. In vielen Fällen ist es jedoch nicht möglich, diese Informationen manuell einzugeben, da dies sehr arbeitsintensiv und fehleranfällig ist.

Im Allgemeinen erstellt der Arzt einen Labortestauftrag, der an ein Labor gesendet wird. Wenn das Labor den Auftrag bearbeitet, werden die Ergebnisse entweder in Papierform oder in digitaler Form zurückgesendet. Darüber hinaus verfügt die Gesundheitseinrichtung in größeren Einrichtungen über eigene Labore und Laborsysteme. Die Schnittstelle ermöglicht das automatische Abrufen der Ergebnisse aus dem Labor und das Hochladen der Ergebnisse in GNU Health.

Um die Aufgabe für die Verarbeitung der Daten zu automatisieren, müssen sich sowohl die Gesundheitseinrichtung als auch das Labor in der Art und Weise des Datenformats einigen und übertragen. Es gibt verschiedene Formate und Methoden für den Nachrichtenaustausch (csv, xml, Webservices, HL7, ...), die sich an verschiedene Szenarien anpassen lassen.

Basis Workflow[Bearbeiten]

In den meisten Fällen müssen wir einen Basis Workflow einrichten. Lassen Sie uns über ein grundlegendes Hämogramm / Komplettes Blutbild (KBB) nachdenken

  1. Der Gesundheitsdienstleister erstellt einen Untersuchungsauftrag, der einen (oder mehrere) Laboruntersuchungstypen mit seiner eindeutigen ID enthält. Diese Labortest-ID enthält wichtige Informationen wie Laboruntersuchungstyp, Patient, bestellender Arzt, Datum der Anfrage, ...
  2. Die Informationen zu dieser Untersuchungs-ID werden dann an das Labor gesendet
  3. Das Labor druckt die Untersuchungs-ID-Etiketten und klebt sie auf das Reagenzglasröhrchen
  4. Der Gesundheitsdienstleister entnimmt dem Patienten die Blutprobe mit dem gekennzeichneten Röhrchen mit der eindeutigen Laboruntersuchungs-ID
  5. Die Probe wird dann zum Analysator gebracht, dies liest den Barcode des Labortests und verarbeitet das KBB
  6. Die Laborassistenz erstellt den Bericht mit dem Ergebnis für jeden Analyten, der mit der Labortestanforderungs-ID verknüpft ist
  7. Dieses Ergebnis wird in der von beiden Parteien vereinbarten Form (Labor und Institution) an GNU Health gesendet.
  8. GNU Health LIMS-Schnittstelle verarbeitet und lädt das Ergebnis zum Labortest hoch.

Natürlich kann es einen höheren oder niedrigeren Automatisierungsgrad geben, aber die meisten dieser Schritte werden in vielen Szenarien existieren.

Beispielschnittstelle[Bearbeiten]

Als Teil der GNU-Health-Dokumentation gibt es jetzt ein Beispielskript, das eine CSV-codierte Stapeldatei erstellt und die Ergebnisse in GNU Health hochlädt.

Dieses Programm liest eine CSV-formatierte Datei, die die Labortest-ID, die Analyten und die Ergebnisse enthält.

Im Verzeichnis enthalten ist ein Beispiel TEST006.csv, das die Ergebnisse des Tests "TEST006", ein "Komplettes Blutbild (KBB)" enthält

Sie können das Programm (GNU Health Server-Name, Anmeldeinformationen, ...) sowie die Laboruntersuchung-Ergebnisdatei anpassen. Natürlich kann der Name des Laboruntersuchungsergebnisses geändert werden, um Ihre Bedürfnisse zu erfüllen.

Die aktuelle Version des Beispielprogramms finden Sie im GNU Health mercurial Server im Entwicklungszweig:

http://hg.savannah.gnu.org/hgweb/health/file/tip/tryton/doc/samples/interfaces/lab

Anforderungen[Bearbeiten]

Diese aktuellen Komponenten und Versionen sind:

  • GNU-Gesundheit: 3.0
  • Proteus Tryton-Bibliothek: 3.8

Proteus installieren:

$ pip2 install --user "proteus> = 3.8, <3.9"

Verwendung[Bearbeiten]

Rufen Sie das Programm auf und übergeben Sie die csv-formatierte Datei als Argument, zB:

$ ./gnuhealth_csv_lab_interface.py TEST006.csv

Die wichtigsten Programmschritte sind:

  • Testen Sie die Verbindung zum GNU-Health-Server
  • Überprüfen Sie, ob der Labortest unter GNU Health erstellt wurde (zB TEST006)
  • Stellen Sie sicher, dass sich die Analyten aus den CSV-Dateien auf dem System befinden
  • Laden Sie die Ergebnisse hoch.